म. प्र. नि. मंडळाने नवी मुंबई येथे आपली मध्यवर्ती प्रयोगशाळा आणि पुणे, नाशिक, नागपूर, औरंगाबाद, ठाणे, चिपळूण आणि चंद्रपूर येथे प्रादेशिक प्रयोगशाळांची स्थापना केली आहे.

या प्रयोगशाळांच्या अंतर्गत मुख्य उद्दिष्ट्ये आहेत:

• पाणी, सांडपाणी, हवा, जैव-वैद्यकीय कचरा, घातक कचऱ्याचे नमुने इ.चे विश्लेषण करणे ज्यांना पर्यावरणीय नमुने, संयुक्त सतर्कता नमुने आणि कायद्याच्या पुराव्याचे नमुने असे वर्गीकृत केले जाते.
• नमुना घेणे, विश्लेषण आणि कळविणे यांच्या संदर्भात सीपीसीबीच्या विविध प्रायोजित संशोधन आणि विकास प्रकल्पांची अंमलबजावणी करणे.
• प्रदूषण प्रतिबंध आणि नियंत्रण, पर्यावरणीय व्यवस्थापन आणि सार्वजनिक जागरूकता या क्षेत्रांमध्ये, महाराष्ट्र राज्यातील हिताच्या विशेष क्षेत्रांमध्ये योजना आखणे आणि संशोधन, तपास आणि विकासात्मक प्रकल्प आयोजित करणे.
• आपल्या प्रयोगशाळांसाठी आंतर आणि अंतः विश्लेषणात्मक गुणवत्ता नियंत्रण (एक्यूसी) प्रयोग आयोजित करणे.
• मंडळाच्या वैज्ञानिक कर्मचारी वर्गासाठी कौशल्य वृद्धी करण्यासाठी अधूनमधून प्रशिक्षण कार्यक्रम आयोजित करणे.